Medidas de Precaución:
- Respaldar MAGENTO : Es obvio que ante una actualización o cualquier cambio grande que hagas sobre tu sistema lo más sano es respaldar con anterioridad. En el panel de MAGENTO existe una función para eso tienes que buscarla en sistema>Herramientas>Copias de seguridad y ahí generar tu respaldo. También puedes asegurarte y guadar tu base de datos desde tu PhpMyAdmin o sistema de adminsitración de BD que utilices.
- Respaldar tus Archivos: Para ser franco no se si una actualización puede causar daños sobre archivos creados en caso de trabajar con API o modificados por ti con anterioridad, pero esto se trata de arriesgarnos lo menos posible por lo que te recomiendo mantener un respaldo de todos tus archivos.
Después de estos pasos pongamos manos a la obra.
Existen varios metodos de actualizar tu Magento, en este caso usaremos el más fácil que es a travez de Magento-Connnect, para hacer esto en nuesto panel iremos a :
Sistema>Magento Connect>Magento Connect manager
Aquí nos pedirá reingresar nuestra clave de administración, una vez dentro de Magento connect escribimos lo siguente:
http://connect20.magentocommerce.com/community/Mage_All_Latest
y le damos instalar, luego nos listará todas las actualizaciónes disponibles, aquí pinchamremos en el botón proceder.
Si tenemos suerte (cosa que yo no tuve) después de este paso solo nos quedaría volver al panel, actualizar nuestro cache y a disfrutar… pero momento, dudo que tengan más suerte que yo, asi que sigamos adelante 
En mi caso cuando terminó de trabajar la ventana tipo consola con letritas verdes de magento connect me genero el siguiente error:
Package ‘Interface_Adminhtml_Default’ is invalid
‘./app/design/adminhtml/default/default/layout/admin.xml’ already exists
Donde esto se repetía con el nombre de varios archivos, para arreglar este problema el truco esta en editar el siguente archivo:
downloader\\lib\\Mage\\Connect\\Validator.php
y quitar:
if (file_exists($dest)) {
$this->addError(\”\’{$file}\’ already exists\”);
return false;
}
luego intenté realizar la instalación de nuevo, donde ahora si se instalo correctamente.
Después de tanta felicidad al intentar acceder a mi panel me encontré con una sorpresita, la pantalla se quedaba en blanco y no cargaba nada, pensé que para poder arreglar este error tenía que actualizar el cache, pero me era un poco difícil hacerlo si no podía ingresar al panel por lo que me puse a buscar en Internet y me encontré un script que repara los errores de MAGENTO y actualiza el cache, asi que decidí intentar con el, total ya estaba metido en el problema.
- Descargé el script magento-limpieza.zip
- Subí el archivo magento-limpieza.php a la carpeta raíz de mi instalación.
- y luego entre en http://midominio.com/magento-limpieza.php una vez ejecutado el script tenía un nuevo error, al entrar en mi sitio me salia lo siguente SQLSTATE[42S01]: Base table or view already exists: 1050 Table ‘cataloginventory_stock_status_idx’ already exists. y al intentar ingresar en mi panel me daba error 503 Service Unavailable
DROP TABLE IF EXISTS {$this->getTable('cataloginventory_stock_status_idx')};
En la consulta se remplaza la tabla por el nombre de la tabla que genero el error, en este caso fue cataloginventory_stock_status_idx, luego de ejecutar la consulta, mi sitio ya estaba trabajando normalmente, pero aún no tenía acceso a mi panel, para arreglar este problema solo fue necesarío eliminar el archivo maintenance.flag de la raíz de la instalación yyyyy voilá ya tenia mi MAGENTO trabajando con la versión 1.6 